Az új kórházépületek luxus körülményeket biztosítottak a betegek számára (100 m3/beteg légtér, természetes szellőzés). A kapacitás az első négy évben elegendőnek bizonyult; a betegek többsége skarlátos, diftériás, pertussisos vagy tífuszos volt.

1898-ban azonban már az ágyak száma sokkal kevesebb volt, mint amennyire szükség lett volna és a kórtermek túlzsúfoltakká váltak. Az Önkormányzat felismerte, hogy a kórház már elégtelen a fertőző betegek ellátására és elhatározta, hogy egy új kórházat épít a meglevő Szent László kórház mellé.

Az új Szent Gellért Kórház három épülettel bírt és a Szent László kórháztól csak kerítéssel volt elválasztva. Az egyik épületben himlős betegeket, míg a másikban az elkülönített betegeket helyeztek el és a harmadik volt a felvételi épület. A két kórháznak együttesen és összesen 5 (!) orvosa volt a főorvossal együtt

Az évszázad első harmadát az állandó építkezés jellemezte, melynek során a Szent Gellért Kórházhoz új épületeket építettek. A két kórházat 1917-ben egyesítették Szent László kórház néven. Abban az időben a skarlát, a diftéria és a szamárköhögés halálozása ebben a sorrendben 10, 10 – 20 és 20 – 30% volt. A magas morbiditás egyik oka volt a nagy kórtermekben történő kereszt-fertőzés. “Ha az orvostanhallgatóknak fertőző betegséget akarsz mutatni, akkor vidd őket a skarlát kórterembe és ott mindenféle fertőző betegséget meg tudsz mutatni.” mondta Csapó Dr. a híres gyermekgyógyász.

Több évtizedet vett igénybe, hogy meggyőzzék az Önkormányzatot arról, hogy olyan kórtermeket építsenek, amelyek kevesebb ággyal rendelkeznek, és biztosítsák az elkülönítés lehetőségét (1912-ben három ilyen épület volt).

Az I. világháborúban számos nagyon rossz állapotú épületben kolerás, himlős, orbáncos és Shigella disentériás, tífuszos és rühes beteget kezeltek. Sebesülteket is ellátott a kórház. 1918-ban és 1919-ben 4700 beteget vettek fel influenza miatt. 1920-ban az elektromosság vált hozzáférhetővé, 1928-ban pedig elkészült az első röntgenfelvétel. 1933-ban független laboratóriumi részleget alakítottak ki. Abban az időben a kórház ágyainak száma 2000 volt.

1938-tól a komfortos új épületek hatásaként jelentősen csökkent a kereszt-fertőzések száma. 1944-ben egy bombatámadásban a kórház 11 épülete súlyosan károsodott és 180 – 260 beteg és kórházi alkalmazott halt meg. A kórházat evakuálták. 1945-ben néhány épületet helyreállítottak és márciusban a kórház vissza tudott költözni.

A kolerától és a himlőtől eltekintve a betegek közönséges fertőzéseken estek át. Ugyanakkor a bevezetett penicillin terápia hatására a skarlát jelentősen enyhébb lefolyásúvá vált. Az orbáncot szulfonamiddal kezelték és a diftéria ellen bevezetett védőoltás következtében jelentősen csökkent a diftériás betegek száma. Ebben az időben három nagy járvány jelentkezett – meningitis, kiütéses tífusz és a Shigella dysenteria.

A háborút követően, 1950-től a kórházi gyógyszertárat, a kutató laboratóriumot és a könyvtárat alapították meg. Hetente tartottak tudományos tanácskozásokat. Ennek az időnek jellemző fertőző betegségei az újszülöttek és csecsemők E. coli dyspepsiája és a szamárköhögés voltak.

1957-ben és 1959-ben két nagy gyermekbénulás járvány lépett fel, amelyek egyenként mintegy 2000 – 2000 paralízises beteget eredményeztek. Az esetek harmada szorult lélegeztetésre. A kórház 6 részleget szervezett, ahol 150 lélegeztető géppel kezelték a paralizált betegeket a járvány csúcsidőszakában.

1961 és 1980 között, a kötelező védőoltásokkal a klasszikus fertőző betegségek járványos előfordulása megszűnt. A leggyakoribb esetek a skarlát, hasmenés, influenza és a járványos májgyulladás voltak. A kórházban az ágyak száma 800-900, a kórházi dolgozók száma pedig 1300 fő volt.

Ebben az időben a betegek negyede nem fertőző beteg volt. A kórház oktató kórház lett és lehetőség nyílott a fertőző betegségekből szakvizsgát tenni. A tudományos és a gyógyító tevékenységet a Magyar Infectológiai Társaság koordinálta. Néhány szakkönyv is megjelent: Fertőző Betegségek, Trópusi Betegségek és a Védőoltás.

1981-ben, egy új 338 ágyas épület készült el. Az új épületben a Radiológiai Osztály, a Gyermekgyógyászati Osztály és felnőtt osztályok is helyet kaptak. A betegek 98%-át 4, vagy annál kisebb ágyszámú kórtermekben helyezik el. Számos szakorvos kezdte meg működését a kórházban: így kardiológusok, szülész-nőgyógyászok, immunológusok és szemészek. A legújabb kihívást a HIV betegek kezelése jelenti, akiket az egész ország területéről fogadnak. A 90-es évekre a fertőző betegségek bejelentésének aránya 10% alá csökkent.

Új szakmákat indítottak: csontvelő transzplantáció, művese állomás, hematológia és az intenzív terápiás osztály kezdte meg működését.
A figyelem a neutropénás betegek kezelése felé fordult; az emelkedő morbiditás és mortalitás az invazív diagnosztikai módszerek és terápiás eljárások következtében szaporodó kórházi fertőzések eredménye.