Előnyei, hogy a régi barakk kórházak modern felfogásaként kényelmesebb munkakörülményeket jelentett az orvosoknak, egészségesebb környezetet a betegeknek, az épületek közötti tágas tereket parkosítani lehetett. Az Új Kórház kezdetben 8 osztállyal rendelkezett, ezek nyolc pavilonban helyezkedtek el, összesen 656 beteget fogadhattak.
A főváros még ebben az évben átvehette a nemzetközi nagy orvos kongresszus díszoklevelét, a “páratlan áldozatkészséggel létrehozott új kórházért, mely a legújabb igényeknek megfelelően van berendezve.” A kórház megnyitása alkalmából és az azt követő időkben a hazai és nemzetközi orvostudomány számos jeles egyénisége látogatott el ide.
1907-ben Hainiss Géza egyetemi m. tanár vezetésével létesült a Gyermekosztály. 1966. január 1-től az osztályt az Apáthy István Gyermekkórházba helyezték át. 1911-ben fiókkórházat kapott a Szent István Közkórház, az elemi iskola és kisdedóvó céljára épült Telepy utcai épületet. Két belbeteg és egy sebészeti osztályt hoztak létre, összesen 303 ággyal.
1919-ben 800 ágyas volt a kórház. Májusban a közkórházi biztosi ülés Semmelweis Közkórházra változtatta az Intézmény nevét, átmenetileg e néven működött.
1922. júliusban a pozsonyi Erzsébet Tudomány Egyetem Bakay Lajos által vezetett Sebészeti Klinikáját költöztették a Szent István Közkórházba. 1924. szeptember 1-ig, a Klinika Pécsre költözéséig tartózkodtak itt. A Klinikán dolgozott többek között a hazai tüdősebészet kimagasló alakja, Sebestény Gyula is.
1930-tól a budapesti Pázmány Péter Tudomány Egyetem újonnan szervezett III. Sebészeti Klinikája kapott helyet, az egyik legnagyobb sebészegyéniség, Ádám Lajos egyetemi tanár igazgatásával, 1946-ig. Ebben az évben az ágyak száma 1532 volt, 38 707 beteget kezeltek. 21 épületben, 43 kórteremben 60 orvos, 143 ápolónő és 90 szerzetes nővér látta el a betegeket. Az adminisztratív dolgozók száma mindössze 16 volt, egyéb dolgozó 219.
A népjóléti és munkaügyi miniszter 1932-ben a Szent István Közkórház kórházcsoportjába sorolta a Maglódi úti új közkórházat és a Bakáts téri szülészeti osztályt is. Kőbányán, a Maglódi úton 1932. június 21-én nyílt meg az új közkórház, amely eredetileg a szegény és elaggott betegeknek nyújtott volna otthont és kórházi ellátást. Ugyanezen évben megszüntették a Telepy utcai fiókkórházat.
1935. szeptember 19-én ünnepelték a kórház fennállásának 50. évfordulóját. Ekkor – a kezdeti 8 osztállyal és 656 ággyal szemben – 14 osztályról és 1476 ágyról számolhattak be. A betegforgalom 1886-ban 7396, míg 1934-ben 25 156 volt. Az első 50 év alatt mintegy 830 000 beteget kezeltek.
1940-es évben megalakult a szájsebészeti osztály, ami új feladatok ellátását kívánta meg a kórház vezetőitől. 1943-ban már erősen érezhető volt a háború valamennyi nehézsége. Számtalan tényező nehezítette a betegellátást. A harctérre került orvosok helyett gyakran orvostanhallgatók végezték el a feladatokat. 1944-ben a gyakori bombatámadások miatt a Gyermekosztályt kiürítették és ide vonták össze a kórház pince és óvóhely nélküli földszintes épületeiből a betegeket. A gégészeti osztályt és a fülészeti osztályt összevonták. Korabeli közlésekből tudjuk, hogy az osztály alatti pincében felállított osztályon és műtőben a főváros ostroma alatt rendszeresen operáltak és a betegellátás nem szünetelt.
Az 1945-ös év is sok nehézséget okozott a kórház munkájában is. A háborús károk miatt sérült épületben elpusztultak a kórházi ágyak is és így számuk jelentősen csökkent. A működő ágyak száma ekkor lecsökkent 1163-ra.
A romok eltakarítása és a betegellátás körülményeinek megfelelő megteremtése mellett 1949-ben sikerült megszervezni és megindítani az E pavilonban az Urológiai sebészeti osztályt.
Az 50-es évek elején a Magyarországon elsőként megszervezett Gyermek bőrbeteg osztályt átköltöztették az István Kórházba. 1951-ben a 19 osztályon összesen 25 000 beteget láttak el.
1952-ben a kórház C épületében megnyílik a fül-orr-gége osztály. A mind több radiológiai feladat ellátását az eddigi épület és berendezés nem tudta elvégezni. Ezért került sor az épület átépítésére, kibővítésére, új gépekkel és felszereléssel való ellátására.
1957-ben Kardiológiai Laboratórium létesül, majd egy évvel később a III. belgyógyászati osztály Országos Kardiológiai Intézetté alakul. Az intézethez szívsebészeti osztály is csatlakozott, amelyet 36 ágyon alakítottak ki. Az 1959. évben tovább bővül a kardiológiai ellátás, mert működik a kardiológiai ambulancia és megalakul 43 ágyon a IV. Belgyógyászati Klinika.
1960-ban ünnepelte az István Kórház 75 éves fennállását. Emlékkötetet adtak ki, két emlékérmet készíttettek. Az emlékünnepélyekről kis füzet jelent meg.
1972-ben megnyílik a felújított A épület, valamint szociális helyiségek létesítésére, ápolónő öltözők kialakítására, óvoda, bölcsőde bővítésére került sor. Az év végén a kórházi ágyak száma: 1186. Az évtized közepére jelentősen javult a kórház úthálózata és átalakítás kezdődött a Kórbonctani és Kórszövettani osztályon. Az átalakítás 1976-ban fejeződött be.
1977. január l-én megalakult a Budapest Fővárosi István Kórház – Rendelőintézet, valamint új épületben kezdte meg működését az Országos Kardiológiai Intézet. Intézetünk ekkor 4 fekvőbeteg intézeti telephelyen, 3 szakorvosi rendelőintézetben, 6 szakgondozóban, 69 körzeti orvosi rendelésen, 114 üzemben, 78 üzemi telephelyen működő üzemorvosi rendelésen biztosította a főváros IX. és XIX. kerületében a körzeti, üzemi, szakorvosi, szakgondozói és fekvőbeteg ellátást a felnőtt lakosság körében.
Az István Kórház 100 éves évfordulója alkalmából 1985. április 11-én és 12-én tudományos ülésre került sor.